Set 15 tahun setelah “Twentieth Century Boys,” Kanna (Airi Taira) bersatu kembali dengan beberapa karakter utama dari film pertama dalam upaya untuk menghentikan pengaruh Teman yang meningkat atas dunia dan melanjutkan rencana untuk menghilangkan kemanusiaan, seperti yang dijelaskan dalam Buku Baru Nubuatan .