Era Meiji adalah salah satu pembaruan besar bagi Jepang, di mana pedang dan pembunuhan dilarang. Namun, banyak orang yang selamat dari masa Revolusi masih hidup, bersembunyi dalam bayang-bayang dan menunggu kesempatan untuk menggunakan pisau pembunuh mereka lagi. Hanya Kenshin Himura, mantan salah satu pembunuh paling brutal, berharap untuk menjaga kehormatan swordsmannya dan tetap hidup di era baru.