Clannad diatur di sekolah menengah yang terletak di beberapa kota Jepang. Okazaki Tomoya adalah seorang siswa tahun ketiga yang tidak mengambil pelajarannya dengan serius. Selalu terlambat masuk kelas, dia dianggap sebagai anak nakal oleh teman-teman sekelasnya yang sibuk mempersiapkan ujian masuk mereka. Tak perlu dikatakan, dia belum terlalu banyak teman dekat.