Kisah musim ketiga berfokus pada hubungan antara Tony dan anak-anaknya — Meadow, saat dia memulai tahun pertamanya di Universitas Columbia, dan Anthony Jr., yang mengalami masalah perilaku di sekolah menengah. Hubungan Tony dengan ibunya yang sudah lanjut usia, Livia, memuncak. Paman Junior, dibebaskan dari penjara, sekarang berurusan dengan masalah kesehatan. Dr Melfi mengalami trauma pribadi yang mengerikan, tetapi mulai membuat kemajuan nyata dalam menemukan akar penyebab serangan panik Tony. Juga banyak ditampilkan adalah kebangkitan Christopher di gerombolan ketika ia menjadi pria yang dibuat-buat, Jackie Aprile, Jr. bergabung dengan keluarga kriminal dan perselingkuhan Tony dengan salah satu pasien Dr. Melfi lainnya, Gloria.
Kisah musim ketiga berfokus pada hubungan antara Tony dan anak-anaknya — Meadow, saat dia memulai tahun pertamanya di Universitas Columbia, dan Anthony Jr., yang mengalami masalah perilaku di sekolah menengah. Hubungan Tony dengan ibunya yang sudah lanjut usia, Livia, memuncak. Paman Junior, dibebaskan dari penjara, sekarang berurusan dengan masalah kesehatan. Dr Melfi mengalami trauma pribadi yang mengerikan, tetapi mulai membuat kemajuan nyata dalam menemukan akar penyebab serangan panik Tony. Juga banyak ditampilkan adalah kebangkitan Christopher di gerombolan ketika ia menjadi pria yang dibuat-buat, Jackie Aprile, Jr. bergabung dengan keluarga kriminal dan perselingkuhan Tony dengan salah satu pasien Dr. Melfi lainnya, Gloria.